Depuis bien longtemps Belle-Ile semble avoir eu une importance stratégique, tant elle fut convoitée par plusieurs puissances maritimes d'Europe occidentale.

Durant cinq siècles, Belle-Ile est sans relache attaquée, pillée et dévastée, mais elle reste le domaine des moines. Charle IX, juge important de la confier à Albert de Condi afin de la défendre. Moins d'un siècle suffit à ce dernier pour se retrouver criblé de dettes, les Condi vendent l'île.

Le nouveau maître des lieux se trouve être Nicolas Fouquet, le surintendant de Louis XIV. De par l'arrestation de Fouquet en 1661 par le fameux et non moins connu, d'Artagnan, Belle-Ile devient la propriété de la couronne.

Louis XIV charge Vauban de la fortifier en 1720. Louis XV, louera Belle-Ile à la compagnie des Indes, mais en 1761, les Anglais s'emparent de l'île, ils la rendront à la couronne deux ans plus tard, en échange de Minorque.

En 1765, soixante dix huit Familles d'Acadiens, chassées du Canada Français s'y installent.

Au XIX siècle, la Citadelle servira de bagne aux prisonniers militaires et politiques, c'est à la fin des années trente que la Citadelle deviendra un centre d'ébergement des réfugiés de la guerre d'Espagne.

En juillet 1940, Belle-Ile connut ses derniers occupants, les Allemands, elle sera l'un des derniers points de France a être libérée.